Hamachi utiliza algoritmos sólidos y estandarizados para asegurar y autentificar los datos y su arquitectura de seguridad es abierta. La implementación Hamachi es, sin embargo, de código cerrado y no está disponible para la revisión del público en general.

Para que el producto funcione es necesaria la "mediación del servidor", el cual es operado por el vendedor. El servidor almacena el nombre de usuario, contraseña de mantenimiento, dirección IP estática 5.0.0.0/8 y el "token" de autenticación asociado del usuario. Para cada túnel que se establece, podría registrar la dirección IP real del usuario, tiempo de establecimiento y duración; y lo mismo para los demás usuarios interconectados.

Puesto que todos los nodos que comparten un túnel tienen acceso total de tipo LAN a otros ordenadores, pueden surgir problemas de seguridad si no se utilizan cortafuegos, como se da en cualquier situación insegura. Las características de seguridad de un router/cortafuegos NAT no sirven en este caso. Pero este riesgo no es específico de Hamachi y debe tenerse en cuenta también en cualquier otra VPN.

En el "podcast" Security Now!, Steve Gibson describió Hamachi como un "...flamante sistema de red privada virtual, listo para salir de su largo desarrollo en fase beta, ultra-seguro, ligero, de altas prestaciones, brillante, multi-plataforma, entre iguales y ¡GRATIS!..." y que había "...investigado a fondo la arquitectura de seguridad del sistema...".